Pohjois-Pohjanmaan ely-keskus on hyväksynyt Pyhäjoen kunnan esittämän Liminkajärven kunnostuksen vesistövaikutusten tarkkailusuunnitelman. Täydennyksenä suunnitelmaan ely-keskus edellyttää, että ennen töiden aloittamista sekä töiden jälkeen Liminkajärven ylä- ja alapuolisesta pisteestä tulee myös mitata lupamääräyksen edellyttämä sulfaattipitoisuus ainakin kertaalleen.
Suunnitelman mukaan vedenlaatua tarkkaillaan Liminkajärven ylä- ja alapuolelta ottamalla näytteet ennen kunnostustöiden aloittamista ja töiden alkamisen jälkeen kahden viikon välein kunnostustöiden keston ajan. Näytteet otetaan myös 3-4 viikkoa ruoppaustöiden päättymisen jälkeen.
Kunnostustöiden urakoitsija tekee myös työmaaseurantaa päivittäin ja dokumentoi tehdyt työt ja niiden vaikutukset työmaapäiväkirjaan. Tarvittaessa otetaan myös veden pH-näytteitä ja muita veden laatuominaisuuksia kuvaavia näytteitä ruoppauspaikkojen ja läjityspaikkojen läheisyydestä.
Pohjois-Suomen aluehallintovirasto on joulukuussa 2018 myöntänyt luvan Liminkajärven ruoppaamiseen. Lupamääräyksen mukaan työnaikaista veden samentumista ja sen laajuutta sekä pysyvyyttä on silmämääräisesti jatkuvasti tarkkailtava, ja ruoppaus- ja läjitystoiminnan aikana veden samentumista ja happamuutta on tarkkailtava vähintään kaksi kertaa kuukaudessa otettavin vesinäyttein.